内部分裂15
朱一贵和杜君英二部本为合作关系，而非从属关系。杜君英竖旗起事较朱一贵更早，而在事变初期，杜君英的声势亦较大於朱一贵。杜君英起事之後，赤山之战、凤山城陷和府城之役，每战皆捷。而朱一贵则先在冈山麓为周应龙所败，而在赤山之战和府城之役，朱一贵也要待和杜君英会拢後，方始出战清军。
最後也是杜君英所部率先攻入台湾府城。杜君英遂以其功劳最大，而yu立其子杜会三为王，其他起事夥伴则以朱一贵为朱姓，可以冒充明朝皇帝後裔来号召群众，遂拥戴朱一贵为王，杜君英仅受朱一贵封为二十七名国公之一。杜君英心中不服，因而与朱一贵发生争执。
朱一贵和杜君英二人的权力斗争爆发在强娶妇nV事件上。杜君英和朱一贵争权失利後，行事颇多骄纵。朱一贵入府後，榜示禁止y掠，想要整饬军纪。杜君英则故意掳了七名nV子，其中一nV尚是朱一贵集团的核心成员吴外的亲戚。
吴外、朱一贵请杜君英放人，为杜君英所拒。朱一贵於是密谋围攻杜君英，两方爆发激斗。
朱一贵的部众以闽籍漳、泉二府为主。而杜君英集团成员的组成则包括了闽籍漳、泉垦民和粤籍使用cHa0州话的cHa0州cHa0yAn、揭yAn、海yAn一地垦民与客籍佣工。
待至杜君英和其所属的粤籍将领以权力分配不公而和朱一贵集团起争执，且朱一贵集团又以整饬纪律为由密谋剿灭杜君英时，双方遂发生对立。内哄中，杜君英集团发生闽、粤分裂，原杜君英集团的闽籍将领选择了地缘认同，倒戈投向同为闽籍的朱一贵。
至此，整个起事集团遂分裂为使用泉漳片的闽籍垦民和使用cHa0汕片的粤籍垦民二GU势力，而形成闽、粤对立。其後，杜君英战败，并率残部败走猫儿g今云林县仑背乡，并於其後降於清军。
地方自保
在朱一贵、杜君英相争之际，下淡水溪即有十三大庄、六十四小庄，包含了闽籍汀州府和粤籍镇平、平远、程乡三县未附众起事的客籍垦民，因惧遭战火波及，遂集结以自保。
共推李直三为大总理，并联合凤山八社的平埔族民，聚众万余人，分七营六堆，并在清除了下淡水溪东岸朱一贵的势力後，沿下淡水溪东岸布防。而朱一贵在击败杜君英部後，yu一举清剿屏东平原未归附之势力，乃派兵南下。
6月12日，朱一贵部之陈福寿、王忠、刘育、刘国基、薛菊生、郭国桢率二万余人，陆续出现在下淡水溪西岸。二军在经一个礼拜的沿河对峙之後，朱一贵部於6月18日早上发动攻击，从西港口抢渡下淡水溪，先败先锋营和右营，焚劫新园，下午再败五营联军於小赤山，yu取道万丹，直取lAnlAn庄。6月19日，朱一贵部再度发动攻击，惟客庄七营已於万丹完成集结，朱一贵部遭夹攻後大败溃逃。从渡河至兵败，前後历时仅二日。
清军抵台
清吏於台湾府城破後尽数退至澎湖。闽浙总督觉罗满保闻事变，於5月12日进抵泉州府，随後调集兵粮而於6月1日，偕同南澳总兵官蓝廷珍，率水陆军由厦门出海，於澎湖会同福建水师提督施世骠後，向台湾进发。
清军於6月16日抵鹿耳门，6月17日逢涨cHa0而直入安平港。朱一贵集团原仅为各山头势力的联合，缺乏严密的组织，而且参与的部众多有并非志愿参与。
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